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Run: ERR4820369

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Run ID: ERR4820369

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:38:33

Number of reads: 430366

Percentage reads mapped: 83.18

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.98
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.99
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.91
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775790 c.2691C>G synonymous_variant 0.13
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303325 p.Ala132Val missense_variant 0.11
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472152 n.307C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474409 n.756_776delACCCACACGCGCATACGCGCG non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474435 n.778G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474437 n.781_782delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475026 n.1369G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475763 n.2107_2108delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
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