Run ID: ERR4820798
Sample name:
Date: 20-10-2023 09:27:29
Number of reads: 2763785
Percentage reads mapped: 93.62
Strain: lineage3.1.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | R | rrs n.799C>T (0.90) |
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 1.0 |
lineage3.1 | East-African-Indian | Non-CAS1-Delhi | RD750 | 1.0 |
lineage3.1.2 | East-African-Indian | CAS;CAS2 | RD750 | 1.0 |
lineage3.1.2.1 | East-African-Indian | CAS2 | RD750 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 0.98 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 759746 | c.-61C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 762434 | c.-936T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471923 | n.78T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1471927 | n.82_85delTTCGinsAGCTTGCT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
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rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
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rrs | 1472977 | n.1133dupT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
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