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Run: ERR4820798
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Run ID: ERR4820798

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:53:12

Number of reads: 2763785

Percentage reads mapped: 93.62

Strain: lineage3.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
lineage3.1.2.1 East-African-Indian CAS2 RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.98
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764635 c.1266C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764659 c.1290C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764660 p.Val431Ile missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1471932 n.87A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1471978 n.133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473285 n.1442_1443delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1473697 n.40C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1473698 n.41G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1473699 n.42A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1473718 n.61G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473719 n.62G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473728 n.71A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473743 n.86C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473750 n.93C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473751 n.94C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473752 n.95G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475514 n.1857G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1475525 n.1868G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrl 1476080 n.2423T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476580 n.2923G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168604 p.Pro670Leu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ribD 2986646 c.-193G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4408048 p.Cys52Phe missense_variant 1.0