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Run: ERR4821208
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Run ID: ERR4821208

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:07:39

Number of reads: 4373027

Percentage reads mapped: 98.39

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472153 n.308G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473724 n.67T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474077 p.Lys24Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embC 4241830 p.Lys656Asn missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407850 p.Arg118Pro missense_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0
gid 4408334 c.-132G>A upstream_gene_variant 1.0