Run ID: ERR4821208
Sample name:
Date: 01-04-2023 17:07:39
Number of reads: 4373027
Percentage reads mapped: 98.39
Strain: lineage4.3.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.2 | Euro-American (LAM) | LAM3 | None | 1.0 |
lineage4.3.2.1 | Euro-American (LAM) | LAM3 | RD761 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5520 | p.Pro94Leu | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7222 | c.-80C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472108 | n.263C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472130 | n.285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472153 | n.308G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472337 | n.492C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472670 | n.825G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472707 | n.862A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
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rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472954 | n.1109T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472958 | n.1113A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472974 | n.1129A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472988 | n.1143T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
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rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473277 | n.1432G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1473724 | n.67T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3474077 | p.Lys24Thr | missense_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embC | 4241830 | p.Lys656Asn | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407850 | p.Arg118Pro | missense_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |
gid | 4408334 | c.-132G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |