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Run: ERR4821373
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Run ID: ERR4821373

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:13:05

Number of reads: 1371308

Percentage reads mapped: 96.07

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.99
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2154172 c.1939delA frameshift_variant 0.2 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8252 p.Glu317Asp missense_variant 0.12
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491438 p.Asp219Val missense_variant 0.1
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760038 p.Gly78Cys missense_variant 0.2
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 760368 p.Ser188Pro missense_variant 0.15
rpoB 761214 p.His470Asn missense_variant 0.1
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777024 c.1456delC frameshift_variant 0.1
mmpL5 777674 c.807G>T synonymous_variant 0.11
mmpS5 778784 p.Pro41Leu missense_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302981 c.51A>G synonymous_variant 1.0
fbiC 1304905 p.Ala659Pro missense_variant 0.1
embR 1416205 p.Ser381Arg missense_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473749 n.92A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476128 n.2471T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
fabG1 1673557 p.His40Asn missense_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154151 p.Thr654Ser missense_variant 0.2
katG 2156183 c.-72G>T upstream_gene_variant 0.14
PPE35 2167820 c.2793G>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2167953 p.Tyr887Cys missense_variant 0.1
PPE35 2168683 p.Phe644Ile missense_variant 0.12
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2517964 c.-151C>T upstream_gene_variant 0.11
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065166 c.1026C>A synonymous_variant 0.13
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087143 c.324G>A synonymous_variant 0.17
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612474 p.Ser215Pro missense_variant 0.13
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4248965 p.Pro818Thr missense_variant 1.0
ethA 4326977 p.His166Arg missense_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0