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Run: ERR4821519
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Run ID: ERR4821519

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:18:13

Number of reads: 3967465

Percentage reads mapped: 90.71

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8164 p.Ala288Asp missense_variant 0.12
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.99
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1471926 n.80_81insGCAGCTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471930 n.88_89delGA non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471978 n.133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473285 n.1442_1443delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1473877 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473884 n.227C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473889 n.232G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473896 n.239C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473911 n.254G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473918 n.261C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473922 n.265A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474842 n.1185G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475522 n.1865A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476262 n.2605G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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