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Run: ERR4821891
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Run ID: ERR4821891

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:30:48

Number of reads: 1796461

Percentage reads mapped: 89.45

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305493 p.Ala855Ser missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474722 n.1065T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170710 c.-98C>A upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2715483 c.-151C>T upstream_gene_variant 0.85
embC 4239930 p.Gly23Glu missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0