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Run: ERR4821927
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Run ID: ERR4821927

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:32:03

Number of reads: 1141388

Percentage reads mapped: 59.15

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 0.98
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8715 p.Pro472Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 759608 c.-199C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.97
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2725969 c.-224_-223insG upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726323 p.Pro44Arg missense_variant 1.0
pepQ 2859830 p.Gly197Arg missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087518 c.699C>T synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448598 p.Ile32Thr missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
Rv3236c 3612768 p.Ala117Pro missense_variant 1.0
alr 3841006 p.Asp139His missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267804 p.Cys345Arg missense_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 0.93