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Run: ERR4822225

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Run ID: ERR4822225

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:42:40

Number of reads: 1732895

Percentage reads mapped: 98.64

Strain: lineage3

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9596 c.2295G>T synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 761663 c.1857G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764181 p.Asp271Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473284 n.1440_1444delACCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473291 n.1449_1451delAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473304 n.1459C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473305 n.1460G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474293 n.637_648delCCTCTCCGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474309 n.653delT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.11
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.1
PPE35 2170769 c.-157C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2222004 c.1161C>T synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3338976 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0