Run ID: ERR5979817
Sample name:
Date: 02-04-2023 01:24:45
Number of reads: 4298108
Percentage reads mapped: 92.6
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.25 |
mshA | 576482 | p.Val379Leu | missense_variant | 0.27 |
mmpR5 | 779176 | p.Ser63Gly | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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fbiD | 3339734 | p.Ala206Gly | missense_variant | 0.18 |
embB | 4246584 | p.Arg24Pro | missense_variant | 0.36 |