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Run: ERR6197031
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Run ID: ERR6197031

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:49:50

Number of reads: 1384091

Percentage reads mapped: 95.15

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.15
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.18
rpoC 763013 c.-357C>A upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763022 c.-348C>A upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763052 c.-318G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.16
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 0.14
rpoC 763085 c.-285C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763103 c.-267G>A upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763109 c.-261C>G upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.1
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764405 c.1036A>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764435 c.1066A>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781443 c.-117T>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472983 n.1138A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476025 n.2368G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476029 n.2372A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476032 n.2375C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476035 n.2378G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476036 n.2379A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476043 n.2386T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476044 n.2387T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476045 n.2388G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476047 n.2390G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476116 n.2459A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476262 n.2605G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476490 n.2833G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170675 c.-63G>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726756 c.564C>T synonymous_variant 0.12
pepQ 2859961 p.Ala153Gly missense_variant 1.0
ribD 2987154 p.Arg106Trp missense_variant 0.12
ribD 2987557 p.Cys240Phe missense_variant 0.11
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249732 c.3219C>G synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0