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Run: ERR6197044
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Run ID: ERR6197044

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:50:07

Number of reads: 36898

Percentage reads mapped: 10.63

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
rpoB 762024 p.Val740Ile missense_variant 0.5
rpoB 762051 p.His749Tyr missense_variant 0.5
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.5
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 762071 p.Asp755Glu missense_variant 1.0
rpoB 762080 c.2274G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762085 p.Ala760Glu missense_variant 1.0
rpoB 762089 c.2283G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 762092 c.2286G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 762110 c.2304G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762114 p.Ile770Val missense_variant 1.0
rpoB 762122 p.Asp772Glu missense_variant 1.0
rpoB 762125 c.2319G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 762126 p.Val774Ser missense_variant 1.0
rpoB 762134 c.2328C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762143 c.2337T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762149 c.2343G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762156 p.Val784Ile missense_variant 1.0
rpoC 764530 c.1161C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 1.0
rpoC 764548 c.1179G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 1.0
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 1.0
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764617 c.1248C>T synonymous_variant 0.67
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764918 p.Val517Leu missense_variant 1.0
rpsL 781647 p.Arg30Cys missense_variant 0.5
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472686 n.841G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473285 n.1442_1443delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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