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Run: ERR6359073

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Run ID: ERR6359073

Sample name:

Date: 02-04-2023 02:31:14

Number of reads: 43854

Percentage reads mapped: 0.65

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rrs 1472373 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472374 n.529T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91