Run ID: ERR752033
Sample name:
Date: 02-04-2023 04:54:00
Number of reads: 4106555
Percentage reads mapped: 94.08
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575907 | p.Ala187Val | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 0.99 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781480 | c.-80A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1473147 | n.1302G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1473150 | n.1305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1473161 | n.1316A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473164 | n.1319C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473179 | n.1334C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474794 | n.1137C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474798 | n.1141C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474804 | n.1147C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1474830 | n.1173A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1474831 | n.1174A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1474866 | n.1209C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1474869 | n.1212G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475843 | n.2186G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
eis | 2714436 | p.Met299Ile | missense_variant | 1.0 |
eis | 2715432 | c.-100C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612813 | p.Thr102Ala | missense_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038857 | c.1848C>A | synonymous_variant | 0.15 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243460 | c.228C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embB | 4248475 | c.1962G>C | synonymous_variant | 0.99 |
aftB | 4267647 | p.Asp397Gly | missense_variant | 0.98 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 0.99 |