Run ID: SRR1173074
Sample name:
Date: 03-04-2023 03:15:55
Number of reads: 71632
Percentage reads mapped: 3.0
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 0.97 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | streptomycin |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
gid | 4407967 | p.Leu79Ser | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
ccsA | 620374 | p.Pro162Thr | missense_variant | 0.67 |
rpoB | 760849 | p.Thr348Met | missense_variant | 0.67 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 777357 | p.Arg375Leu | missense_variant | 0.67 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472128 | n.283G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472130 | n.285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472203 | n.358G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472498 | n.653C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
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rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
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rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472827 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
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rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
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rrs | 1473130 | n.1285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
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rrs | 1473148 | n.1303G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473150 | n.1305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
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rrs | 1473164 | n.1319C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473199 | n.1356delA | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1473778 | n.121G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474839 | n.1182C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474848 | n.1191G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474862 | n.1205C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474892 | n.1235G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475783 | n.2126T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1475866 | n.2209T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1475874 | n.2217C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
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rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
katG | 2156057 | p.Gly19Ser | missense_variant | 0.4 |
Rv1979c | 2221939 | p.Arg409Gln | missense_variant | 1.0 |
eis | 2714181 | c.1150_1151delCG | frameshift_variant | 1.0 |
eis | 2714190 | p.Gln381His | missense_variant | 1.0 |
eis | 2714212 | p.Arg374Leu | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3474380 | p.Ala125Asp | missense_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612813 | p.Thr102Ala | missense_variant | 1.0 |
fbiA | 3640721 | p.Pro60Gln | missense_variant | 0.33 |
aftB | 4267560 | p.Ala426Asp | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4267621 | p.Gly406Cys | missense_variant | 0.67 |