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Run: SRR11972327
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Run ID: SRR11972327

Sample name:

Date: 03-04-2023 05:37:30

Number of reads: 1724972

Percentage reads mapped: 96.09

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 0.29 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
gyrA 7582 p.Asp94Ala missense_variant 0.72 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 761773 p.His656Pro missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472288 n.443A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472290 n.445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472324 n.479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472325 n.480G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472326 n.481T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472329 n.484A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472330 n.485G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472368 n.523A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472493 n.649delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472862 n.1017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472991 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474660 n.1003G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476469 n.2812G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167865 c.2748G>C synonymous_variant 0.12
PPE35 2167868 c.2745A>C synonymous_variant 0.12
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.15
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288996 p.His82Gln missense_variant 1.0
pncA 2289877 c.-636C>T upstream_gene_variant 0.2
folC 2746530 p.Ala357Thr missense_variant 0.11
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
rpoA 3877960 p.Val183Gly missense_variant 1.0
rpoA 3878680 c.-173C>T upstream_gene_variant 0.11
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0