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Run: SRR1792022
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Run ID: SRR1792022

Sample name:

Date: 03-04-2023 18:40:22

Number of reads: 1783929

Percentage reads mapped: 65.89

Strain: La1.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8 M.bovis None None 1.0
La1.8.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576105 p.Arg253Leu missense_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.12
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762959 c.-411G>C upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762989 c.-381G>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.17
rpoB 763005 p.Cys1067Gly missense_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.99
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.11
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763672 c.303C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764549 p.Pro394Thr missense_variant 0.12
rpoC 764561 p.Pro398Ala missense_variant 0.13
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472606 n.761C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472645 n.800G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472666 n.821G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472694 n.849C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473134 n.1289T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473269 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473320 n.1475G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474275 n.618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474414 n.757C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474415 n.758C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474444 n.787G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474488 n.831G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476032 n.2375C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476045 n.2388G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476046 n.2389G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476047 n.2390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476079 n.2422G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476080 n.2423T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476081 n.2424A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476082 n.2425T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476087 n.2430C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476095 n.2438C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476104 n.2448delG non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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