Run ID: SRR1792024
Sample name:
Date: 03-04-2023 18:40:33
Number of reads: 1533058
Percentage reads mapped: 87.58
Strain: La1.8.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
La1 | M.bovis | None | None | 1.0 |
La1.8 | M.bovis | None | None | 1.0 |
La1.8.1 | M.bovis | None | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
pncA | 2289073 | p.His57Asp | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5752 | c.513G>A | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 6406 | c.-896C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrB | 6446 | p.Ala403Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8285 | c.984C>T | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 9143 | c.1842T>C | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 9217 | p.Asp639Ala | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 0.99 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 576105 | p.Arg253Leu | missense_variant | 0.97 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1302899 | c.-32A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472571 | n.726G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472581 | n.736A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472606 | n.761C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472623 | n.778A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472645 | n.800G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472982 | n.1137G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472993 | n.1148G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473097 | n.1252G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473105 | n.1260G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473122 | n.1277T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473134 | n.1289T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473147 | n.1302G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473164 | n.1319C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473226 | n.1381C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473283 | n.1438T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474506 | n.849C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474516 | n.859C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474537 | n.880G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474558 | n.901G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474583 | n.926C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474601 | n.944C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474638 | n.981C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474639 | n.982G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474777 | n.1120T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474779 | n.1122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474783 | n.1126G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474790 | n.1133C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474794 | n.1137C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474800 | n.1143T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475753 | n.2096C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475775 | n.2118G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475896 | n.2239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475897 | n.2240T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475898 | n.2241A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475899 | n.2242G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475916 | n.2259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475943 | n.2286G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475952 | n.2295A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475963 | n.2306G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475970 | n.2313C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475977 | n.2320A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475988 | n.2331A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475997 | n.2340A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475998 | n.2341C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476001 | n.2344T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476160 | n.2503T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476165 | n.2508T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476201 | n.2544C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476245 | n.2588C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476252 | n.2595T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476256 | n.2599A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476281 | n.2624T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476297 | n.2640C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476298 | n.2641C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476300 | n.2643G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476301 | n.2644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476309 | n.2652G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476337 | n.2680C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rpsA | 1834859 | p.Ala440Thr | missense_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2103173 | c.-132delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
katG | 2155503 | c.609C>T | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2156025 | c.87C>A | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168011 | p.Ser868Arg | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168319 | p.Thr765Ile | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168814 | c.1798dupA | frameshift_variant | 1.0 |
PPE35 | 2170048 | p.Leu189Val | missense_variant | 0.21 |
PPE35 | 2170053 | p.Thr187Ser | missense_variant | 0.19 |
PPE35 | 2170066 | p.Ala183Thr | missense_variant | 0.14 |
Rv1979c | 2222308 | p.Asp286Gly | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518132 | c.18C>T | synonymous_variant | 1.0 |
eis | 2715125 | p.Thr70Ala | missense_variant | 1.0 |
ahpC | 2726341 | p.Val50Gly | missense_variant | 0.2 |
ald | 3086728 | c.-92C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3087084 | c.266delA | frameshift_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448783 | p.Val94Ile | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3474427 | p.Val141Ile | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3475159 | p.Asn385Asp | missense_variant | 1.0 |
fbiB | 3641590 | p.Gly19Glu | missense_variant | 1.0 |
rpoA | 3878559 | c.-124_-53delCGAGTACCCCCCAACCCAACCCTCGGGGGGCGCCGCCCCCCGAGTACCCCCACCCTCGGGGGCGCCGCCCCC | upstream_gene_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038403 | c.2302T>C | synonymous_variant | 1.0 |
embC | 4240671 | p.Thr270Ile | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242970 | c.-263C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4244220 | c.988C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embB | 4246551 | p.Asn13Ser | missense_variant | 0.97 |
embB | 4246864 | c.351C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embB | 4247646 | p.Glu378Ala | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4267858 | p.Ile327Val | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4269351 | c.-515C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ubiA | 4269387 | p.Glu149Asp | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4269606 | c.-770T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |