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Run: SRR2100532
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Run ID: SRR2100532

Sample name:

Date: 19-10-2023 16:07:45

Number of reads: 2468401

Percentage reads mapped: 90.26

Strain: lineage3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406221 p.Ala374Pro missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471914 n.69A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471918 n.73A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1471925 n.81delC non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471931 n.87delA non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471938 n.93T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471943 n.98T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472599 n.754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472672 n.830delT non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473282 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473814 n.157A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473815 n.158T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473830 n.173T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473833 n.176_177insT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473844 n.187C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473870 n.213G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475113 n.1456C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475460 n.1803A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476103 n.2446C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
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rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
tlyA 1917851 c.-89C>A upstream_gene_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0