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Run: SRR2101663
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Run ID: SRR2101663

Sample name:

Date: 03-04-2023 23:50:49

Number of reads: 515325

Percentage reads mapped: 48.6

Strain: lineage1.1.3.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3.2 Indo-Oceanic NA RD239 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
panD 4043906 p.Glu126* stop_gained 0.13 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.95
gyrA 8188 p.Leu296Pro missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 619695 c.-196G>A upstream_gene_variant 1.0
ccsA 620232 c.342C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777232 p.Asp417Tyr missense_variant 0.12
mmpS5 778701 p.Ile69Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801166 p.Gly120Ser missense_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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