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Run: SRR6045288
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Run ID: SRR6045288

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:56:04

Number of reads: 2338934

Percentage reads mapped: 94.39

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8723 c.1422G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 8948 c.1647G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9741 p.Ala814Thr missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpR5 778229 c.-761C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473186 n.1341A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473665 n.8T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2725937 c.-256T>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0