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Run: SRR6045480
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Run ID: SRR6045480

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:00:04

Number of reads: 1277943

Percentage reads mapped: 89.33

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.27
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304136 c.1206C>G synonymous_variant 0.29
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472288 n.443A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472289 n.444T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472326 n.481T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472445 n.601dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472463 n.618G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472497 n.652G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472669 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472960 n.1115G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472986 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1473631 n.-27T>A upstream_gene_variant 0.33
rrl 1473719 n.62G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473724 n.67T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473731 n.74T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473732 n.75G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473743 n.86C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473750 n.93C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473768 n.111A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473811 n.154C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473812 n.155G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473815 n.158T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473822 n.165A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473828 n.171_172insCT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473835 n.179delA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473844 n.187C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473870 n.213G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1473922 n.265A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1473934 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473935 n.278C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473936 n.279A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473943 n.286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473945 n.288T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473946 n.289A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476088 n.2431A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476224 n.2567A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476608 n.2951C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476665 n.3008T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476666 n.3009C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476675 n.3018C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476689 n.3032A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476694 n.3037G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476695 n.3038T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476699 n.3042A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
fabG1 1674076 p.Thr213Pro missense_variant 0.35
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918069 p.Thr44Pro missense_variant 0.19
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726210 c.18T>C synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449173 p.Asp224Tyr missense_variant 0.11
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
rpoA 3877553 p.Glu319Lys missense_variant 1.0
rpoA 3877935 p.Lys191Arg missense_variant 0.11
rpoA 3877962 c.546G>C synonymous_variant 0.11
rpoA 3877971 p.Asp179Glu missense_variant 0.11
clpC1 4038860 c.1845G>C synonymous_variant 0.12
clpC1 4038878 c.1827A>G synonymous_variant 0.14
clpC1 4038890 c.1815G>A synonymous_variant 0.14
clpC1 4038911 c.1794G>T synonymous_variant 0.19
clpC1 4038917 c.1788C>T synonymous_variant 0.14
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