Run ID: SRR7131156
Sample name:
Date: 04-04-2023 18:47:09
Number of reads: 1551313
Percentage reads mapped: 99.99
Strain: lineage4.6
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5485 | c.246C>T | synonymous_variant | 0.12 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 766584 | p.Gly1072Asp | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781668 | p.Val37Met | missense_variant | 0.12 |
fbiC | 1305476 | p.Thr849Ser | missense_variant | 0.25 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472164 | n.319G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472210 | n.365A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472214 | n.369C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472235 | n.390G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472333 | n.488G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472349 | n.504A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472374 | n.529T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472382 | n.537G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472389 | n.544G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472390 | n.545T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472391 | n.546C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472412 | n.567A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472415 | n.570T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472574 | n.729T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472581 | n.736A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472583 | n.738T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472584 | n.739A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472591 | n.746G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472598 | n.753A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472754 | n.909G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472853 | n.1008A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472887 | n.1042G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472936 | n.1091C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473043 | n.1198G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473051 | n.1206T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473053 | n.1208T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473226 | n.1381C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476383 | n.2726T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476384 | n.2727G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476411 | n.2754G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476442 | n.2785T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476443 | n.2786G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476455 | n.2798C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476456 | n.2799A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476463 | n.2806C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrl | 1476512 | n.2855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2170066 | p.Ala183Thr | missense_variant | 0.16 |
Rv1979c | 2223072 | c.93T>C | synonymous_variant | 0.13 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
eis | 2714264 | p.Gly357Cys | missense_variant | 0.11 |
folC | 2746910 | p.Thr230Ser | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoA | 3878465 | p.Thr15Ala | missense_variant | 0.12 |
clpC1 | 4039353 | p.Arg451Leu | missense_variant | 0.13 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |