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Run: ERR216986
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Run ID: ERR216986

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:57:42

Number of reads: 1167510

Percentage reads mapped: 33.06

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.92
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 0.93
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 0.94
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 0.91
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 619745 c.-146A>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.9
rpoC 765081 p.Gly571Glu missense_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776169 p.Gly771Asp missense_variant 0.17
mmpL5 777149 p.Asn444Lys missense_variant 0.11
mmpL5 777164 c.1317C>T synonymous_variant 0.12
mmpL5 777176 p.Glu435Asp missense_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801166 p.Gly120Ser missense_variant 0.2
embR 1416948 p.Ala134Ser missense_variant 0.14
embR 1417476 c.-129A>G upstream_gene_variant 0.1
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474530 n.873G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474539 n.882C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476181 n.2524A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
fabG1 1673647 p.Arg70Ser missense_variant 0.22
inhA 1674952 p.Pro251Ala missense_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2101753 c.1290C>T synonymous_variant 0.18
katG 2154610 p.Pro501Gln missense_variant 0.14
katG 2154764 p.Val450Phe missense_variant 0.18
katG 2155146 c.966G>A synonymous_variant 0.12
PPE35 2169320 p.Leu431Phe missense_variant 0.3
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726028 c.-165C>T upstream_gene_variant 0.12
ahpC 2726516 p.Phe108Leu missense_variant 0.12
folC 2746628 p.Asp324Val missense_variant 0.14
ribD 2987283 p.Ala149Thr missense_variant 0.12
Rv2752c 3066235 c.-44C>T upstream_gene_variant 0.96
Rv2752c 3067191 c.-1000G>A upstream_gene_variant 0.17
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 0.92
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.97
ald 3087373 p.Arg185His missense_variant 0.15
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475086 c.1080C>T synonymous_variant 0.13
whiB7 3568418 c.250_261delGGACGTCCGCGC conservative_inframe_deletion 0.2
whiB7 3568441 c.237_238delCA frameshift_variant 0.2
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
fbiB 3641714 c.180G>A synonymous_variant 0.33
alr 3840719 c.702A>G synonymous_variant 0.82
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embC 4241225 p.Pro455Ser missense_variant 0.18
embC 4241275 c.1413A>T synonymous_variant 0.14
embC 4241935 c.2073C>T synonymous_variant 0.14
embC 4242422 p.Trp854Gly missense_variant 0.2
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243303 p.Gly24Asp missense_variant 0.13
embB 4249031 p.Ala840Thr missense_variant 0.17
ethA 4326528 p.Thr316Ala missense_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0
gid 4408324 c.-122C>A upstream_gene_variant 0.2