Run ID: ERR2513231
Sample name:
Date: 31-03-2023 19:32:29
Number of reads: 617728
Percentage reads mapped: 92.04
Strain: lineage4.3.4.2
Drug-resistance: RR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.2 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM4;LAM11 | RD174 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761127 | p.Ser441Ala | missense_variant | 0.11 | rifampicin |
rpoB | 761196 | p.Leu464Met | missense_variant | 0.11 | rifampicin |
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rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 6817 | c.-485G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8671 | p.Lys457Ile | missense_variant | 0.14 |
gyrA | 8790 | p.Arg497Trp | missense_variant | 0.14 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
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rpoB | 761051 | c.1245G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoB | 761054 | c.1248G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoB | 761057 | c.1251G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoB | 761060 | c.1254C>G | synonymous_variant | 0.12 |
rpoB | 761133 | c.1327T>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 761180 | c.1374A>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 761186 | p.Glu460Asp | missense_variant | 0.11 |
rpoB | 761195 | c.1389G>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 761201 | c.1395G>A | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 761204 | c.1398C>T | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 761207 | c.1401C>A | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 761213 | c.1407G>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 761219 | c.1413G>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
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mmpL5 | 777122 | c.1359C>T | synonymous_variant | 0.12 |
mmpL5 | 777128 | c.1353A>G | synonymous_variant | 0.12 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303247 | p.Thr106Lys | missense_variant | 0.12 |
Rv1258c | 1407081 | p.Ala87Gly | missense_variant | 0.29 |
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