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Run: ERR2513413
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Run ID: ERR2513413

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Date: 31-03-2023 19:39:45

Number of reads: 625718

Percentage reads mapped: 97.33

Strain: lineage3.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 0.99
lineage3.1.2.1 East-African-Indian CAS2 RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576459 c.1117_1147delGCGGTGGGCGGGCTGCCCGTCGCGGTGCGCG frameshift_variant 0.18
ccsA 620521 p.Ala211Thr missense_variant 0.13
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.14
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763555 c.186C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1416676 c.672G>A synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473414 n.-244G>C upstream_gene_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475965 n.2308A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167965 p.Ala883Gly missense_variant 0.12
PPE35 2167967 c.2646A>C synonymous_variant 0.12
PPE35 2168604 p.Pro670Leu missense_variant 1.0
PPE35 2170426 p.Val63Met missense_variant 0.14
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289823 c.-582T>G upstream_gene_variant 0.17
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
folC 2747740 c.-142A>T upstream_gene_variant 0.13
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449005 p.His168Asn missense_variant 0.11
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269320 p.Leu172Met missense_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0