Run ID: ERR2517074
Sample name:
Date: 31-03-2023 21:55:24
Number of reads: 3119275
Percentage reads mapped: 91.15
Strain: lineage3
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7572 | p.Ser91Pro | missense_variant | 1.0 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rpoC | 764841 | p.Ile491Thr | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2288771 | c.470_471insA | frameshift_variant | 1.0 | pyrazinamide, pyrazinamide |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8948 | c.1647G>A | synonymous_variant | 0.99 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 759746 | c.-61C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 762434 | c.-936T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 764644 | c.1275G>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 764650 | c.1281G>T | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 764662 | c.1293G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 764677 | c.1308C>G | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 764731 | c.1362G>C | synonymous_variant | 0.1 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472148 | n.303T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472607 | n.762G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
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rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
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rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rpsA | 1833979 | c.438T>C | synonymous_variant | 0.1 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4408124 | p.Ala27Pro | missense_variant | 1.0 |