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Run: ERR2984792
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Run ID: ERR2984792

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Date: 01-04-2023 00:06:28

Number of reads: 947082

Percentage reads mapped: 95.63

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7563 p.Gly88Cys missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
pncA 2288727 p.Leu172Pro missense_variant 1.0 pyrazinamide
ahpC 2726119 c.-74G>A upstream_gene_variant 1.0 isoniazid
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6711 p.Ala491Val missense_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305494 c.2565_*55delGGCCTAGCCCCGGCGACGATGCCGGGTCGCGGGATGCGGCCCGTTGAGGAGCGGGGCAATCT frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 0.33
atpE 1460927 c.-118C>T upstream_gene_variant 0.25
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472425 n.580T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472456 n.611T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472460 n.615T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472467 n.622G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472484 n.639A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472682 n.837T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473290 n.1448delG non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475419 n.1762C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475573 n.1916G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475576 n.1919C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475591 n.1934G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475596 n.1939G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475761 n.2104_2105insCCCTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155541 p.Trp191Gly missense_variant 1.0
PPE35 2168494 p.Gly707Ser missense_variant 0.11
PPE35 2169346 p.Asn423Asp missense_variant 0.13
Rv1979c 2221906 p.Val420Asp missense_variant 0.14
Rv1979c 2222122 p.Val348Gly missense_variant 0.29
Rv1979c 2222225 p.Gly314Ser missense_variant 0.13
Rv1979c 2222426 p.Ala247Thr missense_variant 0.12
Rv1979c 2222854 p.Ile104Thr missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087641 c.822T>C synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039991 c.714G>A synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269298 p.Ile179Thr missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407754 p.Met150Lys missense_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0