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Run: ERR3283053
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Run ID: ERR3283053

Sample name:

Date: 01-04-2023 01:19:19

Number of reads: 26531

Percentage reads mapped: 1.36

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
ccsA 620694 c.804C>G synonymous_variant 1.0
ccsA 620698 p.Val270Ile missense_variant 1.0
ccsA 620703 c.813G>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620709 c.819G>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620710 p.Val274Ile missense_variant 1.0
ccsA 620721 c.831G>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620733 c.843G>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620736 c.846G>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620739 c.849A>G synonymous_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 1.0
ccsA 620760 c.870C>T synonymous_variant 1.0
ccsA 620769 c.879C>G synonymous_variant 1.0
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763444 c.75T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763456 c.87A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763468 c.99G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763483 c.114G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763492 c.123G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.67
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763551 p.Tyr61Ser missense_variant 0.75
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.5
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764665 c.1296C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472135 n.290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472279 n.434T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472518 n.673G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472544 n.699C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472553 n.708C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472572 n.727T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472574 n.729T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472584 n.739A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472594 n.749G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472669 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472912 n.1067C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472917 n.1072G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472973 n.1130T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473054 n.1209C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474797 n.1140G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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