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Run: ERR3797068
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Run ID: ERR3797068

Sample name:

Date: 01-04-2023 03:04:28

Number of reads: 1002030

Percentage reads mapped: 76.64

Strain: La1.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8 M.bovis None None 1.0
La1.8.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31 streptomycin
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7081 c.-221T>C upstream_gene_variant 0.11
gyrA 7084 c.-218A>G upstream_gene_variant 0.11
gyrA 7093 c.-209T>C upstream_gene_variant 0.11
gyrA 7100 c.-202T>C upstream_gene_variant 0.11
gyrA 7141 c.-161T>G upstream_gene_variant 0.11
gyrA 7144 c.-158A>G upstream_gene_variant 0.11
gyrA 7153 c.-149G>C upstream_gene_variant 0.11
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8741 c.1440C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761015 c.1209G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761027 c.1221A>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764665 c.1296C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764695 c.1326T>C synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775856 c.2625T>C synonymous_variant 0.12
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472287 n.442C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473022 n.1177G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473697 n.40C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473717 n.60G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473746 n.89T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473811 n.154C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474294 n.638_649delCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474381 n.724T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474444 n.787G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474753 n.1096A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475315 n.1658A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475343 n.1686A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475355 n.1698C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475358 n.1701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475363 n.1706C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475369 n.1712G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475378 n.1721A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475379 n.1722G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475380 n.1723C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475387 n.1730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1475399 n.1742T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475402 n.1745C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475403 n.1746T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475404 n.1747A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475419 n.1762C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475429 n.1772G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475750 n.2093A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475991 n.2334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475995 n.2338G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476095 n.2438C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476106 n.2449A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476583 n.2926G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476674 n.3017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476679 n.3022T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476690 n.3033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476692 n.3035T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476693 n.3036G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.13
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1834327 c.786G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834333 p.Asp264Glu missense_variant 0.12
rpsA 1834336 c.795C>G synonymous_variant 0.12
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102193 p.Arg284Trp missense_variant 0.97
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168319 p.Thr765Ile missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
eis 2715125 p.Thr70Ala missense_variant 1.0
Rv2752c 3065988 p.Glu68Asp missense_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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