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Run: ERR4814329
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Run ID: ERR4814329

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:13:59

Number of reads: 2288057

Percentage reads mapped: 94.72

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 0.98
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760106 c.300G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472465 n.621delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474579 n.922A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474615 n.958A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474632 n.975G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0