TB-Profiler result

Run: ERR4814932
Summary

Run ID: ERR4814932

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:34:24

Number of reads: 986260

Percentage reads mapped: 80.37

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5761 p.Trp174Cys missense_variant 0.11
gyrB 5814 p.Arg192Pro missense_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575981 p.Arg212Trp missense_variant 0.12
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763621 c.252C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.14
rpoC 763726 c.357C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 763732 c.363C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763747 c.378G>A synonymous_variant 0.15
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.23
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766070 c.2701C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417226 c.121delA frameshift_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473150 n.1305T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473161 n.1316A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476501 n.2844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170066 p.Ala183Thr missense_variant 0.13
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
rpoA 3877553 p.Glu319Lys missense_variant 1.0
rpoA 3878495 p.Gln5* stop_gained 0.12
embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embA 4244956 p.Gly575Asp missense_variant 0.14
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
embB 4249733 p.Pro1074Thr missense_variant 0.15
ethR 4327021 c.-528G>A upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0