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Run: ERR4814951
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Run ID: ERR4814951

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:35:15

Number of reads: 3837908

Percentage reads mapped: 97.36

Strain: lineage3.1.2

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrB 6620 p.Asp461Asn missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761110 p.Asp435Val missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764246 p.Leu293Ile missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776585 c.1896C>T synonymous_variant 1.0
mmpS5 778477 c.429A>G stop_lost&splice_region_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406242 p.Ala367Thr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472785 n.940G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472786 n.941C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473017 n.1172A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473070 n.1225G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473071 n.1226C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475767 n.2110_2111insT non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918104 c.165G>A synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155476 c.636T>C synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168604 p.Pro670Leu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878553 c.-46C>T upstream_gene_variant 0.11
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326093 p.Tyr461Asp missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407892 p.Met104Lys missense_variant 1.0