Run ID: ERR4815157
Sample name:
Date: 01-04-2023 13:42:25
Number of reads: 3371451
Percentage reads mapped: 99.05
Strain: lineage3.1.2
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 1.0 |
lineage3.1 | East-African-Indian | Non-CAS1-Delhi | RD750 | 1.0 |
lineage3.1.2 | East-African-Indian | CAS;CAS2 | RD750 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 759746 | c.-61C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 762434 | c.-936T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
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rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473013 | n.1168A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
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rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473130 | n.1285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
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rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
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rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1918104 | c.165G>A | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
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PPE35 | 2168604 | p.Pro670Leu | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2222557 | p.Thr203Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289047 | c.195C>T | synonymous_variant | 1.0 |
pncA | 2289365 | c.-125delC | upstream_gene_variant | 1.0 |
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ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242075 | p.Arg738Gln | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |