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Run: ERR4816001
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Run ID: ERR4816001

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:11:14

Number of reads: 3423943

Percentage reads mapped: 85.8

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.98
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472426 n.581T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472484 n.639_640insC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472993 n.1148G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473052 n.1207G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473053 n.1208T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473107 n.1262G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474200 n.543_544insG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474218 n.561T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
eis 2714469 c.864C>G synonymous_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
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embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
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gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0