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Run: ERR4817389
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Run ID: ERR4817389

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:58:01

Number of reads: 1296711

Percentage reads mapped: 94.66

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6946 c.-356C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 760143 p.Val113Ile missense_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764728 c.1361dupC frameshift_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776238 p.Gly748Asp missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1416222 p.Phe376Leu missense_variant 0.12
embR 1416232 p.Cys372Gly missense_variant 0.11
embR 1416259 c.1089G>C synonymous_variant 0.12
embR 1417211 p.Arg46His missense_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474244 n.587T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476645 n.2988A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834240 c.699T>C synonymous_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
folC 2746575 p.Met342Val missense_variant 0.14
folC 2746591 c.1008C>T synonymous_variant 0.12
folC 2747776 c.-178G>A upstream_gene_variant 0.11
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
alr 3840705 c.715delG frameshift_variant 0.12
ddn 3986859 p.Pro6Thr missense_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embC 4242356 p.Ile832Val missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4246208 c.2980delT frameshift_variant 0.17
embB 4248994 c.2481T>C synonymous_variant 0.1
embB 4249662 p.Ala1050Gly missense_variant 0.1
aftB 4267083 p.His585Leu missense_variant 0.12
aftB 4268681 c.156C>A synonymous_variant 0.2
aftB 4268733 p.Leu35Pro missense_variant 0.15
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0