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Run: ERR4818200
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Run ID: ERR4818200

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:25:27

Number of reads: 1283507

Percentage reads mapped: 97.87

Strain: lineage3.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gid 4408087 c.115delC frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777328 p.Ala385Thr missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473201 n.1356A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918104 c.165G>A synonymous_variant 1.0
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PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
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Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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