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Run: ERR4818810
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Run ID: ERR4818810

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Date: 01-04-2023 15:45:52

Number of reads: 929714

Percentage reads mapped: 93.78

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.31
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473114 n.1269C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475755 n.2099_2102delTAAC non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475761 n.2104C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475766 n.2109_2110insCTTTTTGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476250 n.2593C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.11
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.11
rpsA 1834312 c.771G>A synonymous_variant 0.11
rpsA 1834327 c.786G>T synonymous_variant 0.11
rpsA 1834348 c.807T>C synonymous_variant 0.1
rpsA 1834714 p.Ile391Met missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288699 c.543G>A synonymous_variant 0.1
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087808 p.Arg330Leu missense_variant 0.14
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
alr 3840639 p.Ser261Asn missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
aftB 4269630 c.-794G>A upstream_gene_variant 1.0
ethA 4327672 c.-199G>A upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0