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Run: ERR4821563
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Run ID: ERR4821563

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:19:36

Number of reads: 2921012

Percentage reads mapped: 97.66

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 0.98
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476453 n.2796C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.14
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.11
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.1
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4038260 c.2445C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038495 p.Arg737Leu missense_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 1.0
embA 4243881 p.Ala217Thr missense_variant 1.0
embA 4245253 p.Thr674Asn missense_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
embB 4248436 c.1923C>A synonymous_variant 0.42
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338441 p.Tyr27* stop_gained 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0