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Run: ERR4829835
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Run ID: ERR4829835

Sample name:

Date: 01-04-2023 19:42:57

Number of reads: 2074036

Percentage reads mapped: 95.75

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472815 n.970A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474093 n.436G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474191 n.534C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474461 p.Val152Gly missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246277 c.-237G>A upstream_gene_variant 1.0
embB 4246544 p.Thr11Pro missense_variant 0.25
embB 4246548 p.Pro12Gln missense_variant 0.17
embB 4246555 c.42G>C synonymous_variant 0.24
embB 4246556 p.Ala15Pro missense_variant 0.24
embB 4246563 p.Leu17Trp missense_variant 0.33
embB 4246567 c.54G>T synonymous_variant 0.33
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.21
ethA 4326845 p.Thr210Asn missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407945 c.258C>T synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0