Run ID: ERR4829835
Sample name:
Date: 20-10-2023 06:34:39
Number of reads: 2074036
Percentage reads mapped: 95.75
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | R | fabG1 c.-15C>T (1.00) |
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | ||
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | R | fabG1 c.-15C>T (1.00) |
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764485 | c.1116G>C | synonymous_variant | 0.1 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472954 | n.1109T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473277 | n.1432G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473288 | n.1443delCinsGGCTTG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473291 | n.1446G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473294 | n.1449A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473300 | n.1455C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473301 | n.1456T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3474461 | p.Val152Gly | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4246277 | c.-237G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4246544 | p.Thr11Pro | missense_variant | 0.25 |
ethA | 4326845 | p.Thr210Asn | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407945 | c.258C>T | synonymous_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |