Run ID: ERR6197027
Sample name:
Date: 02-04-2023 01:49:46
Number of reads: 2065978
Percentage reads mapped: 95.87
Strain: lineage4.7
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.7 | Euro-American (mainly T) | T1;T5 | None | 0.98 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 490756 | c.-27T>G | upstream_gene_variant | 0.24 |
rpoC | 762989 | c.-381G>C | upstream_gene_variant | 0.12 |
rpoB | 763005 | p.Cys1067Val | missense_variant | 0.12 |
rpoC | 763028 | c.-342T>C | upstream_gene_variant | 0.11 |
rpoC | 763053 | c.-317T>C | upstream_gene_variant | 0.12 |
rpoC | 763070 | c.-300T>C | upstream_gene_variant | 0.1 |
rpoC | 763570 | c.201G>C | synonymous_variant | 0.1 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrl | 1476411 | n.2754G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476463 | n.2806C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rpsA | 1833469 | c.-73G>T | upstream_gene_variant | 0.12 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289200 | c.42C>T | synonymous_variant | 1.0 |
fbiB | 3640620 | c.-915C>G | upstream_gene_variant | 0.1 |
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embB | 4249732 | c.3219C>G | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |