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Run: ERR6197040
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Run ID: ERR6197040

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:49:58

Number of reads: 29525

Percentage reads mapped: 11.36

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9539 c.2238C>T synonymous_variant 0.5
rpoB 762149 c.2343G>A synonymous_variant 0.67
rpoB 762158 c.2352G>T synonymous_variant 0.67
rpoB 762170 c.2364C>T synonymous_variant 0.67
rpoB 762173 p.Glu789Asp missense_variant 0.67
rpoB 762181 p.Asp792Ala missense_variant 0.67
rpoB 762185 c.2379G>C synonymous_variant 0.67
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.67
rpoB 762200 c.2394C>T synonymous_variant 0.67
rpoB 762227 c.2421G>A synonymous_variant 0.67
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763622 p.Ala85Thr missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472368 n.523A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472386 n.541G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472396 n.551A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472398 n.553T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473285 n.1442_1443delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475688 n.2031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475704 n.2047C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476262 n.2605G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476580 n.2923G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476583 n.2926G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476586 n.2929C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476602 n.2945G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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