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Run: ERR9117826
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Run ID: ERR9117826

Sample name:

Date: 02-04-2023 09:32:25

Number of reads: 837282

Percentage reads mapped: 93.98

Strain: lineage3.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1.3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763013 c.-357C>A upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763022 c.-348C>G upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763052 c.-318G>T upstream_gene_variant 0.2
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 0.27
rpoC 763079 c.-291C>G upstream_gene_variant 0.27
rpoC 763088 c.-282C>G upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 0.23
rpoC 763106 c.-264C>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoB 763118 p.Glu1104Asp missense_variant 0.14
rpoB 763130 p.Glu1108Asp missense_variant 0.14
rpoC 763142 c.-228C>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763148 c.-222G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763158 c.-212C>T upstream_gene_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406613 p.Glu243Ala missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1471925 n.80T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1471929 n.84C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471931 n.87_89delAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472671 n.826G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472687 n.842A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472844 n.999C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472866 n.1023dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248_1249insA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473119 n.1274_1275insG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473134 n.1289T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473295 n.1450G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473953 n.296T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474904 n.1247G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475704 n.2047C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475769 n.2112_2113insC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476215 n.2558_2559insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476255 n.2598A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476580 n.2923G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rpsA 1834159 c.618G>A synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.14
Rv1979c 2222732 c.432delT frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.31
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612520 c.597G>A synonymous_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249195 c.2682C>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4408175 p.Ala10Pro missense_variant 1.0