Run ID: SRR12006056
Sample name:
Date: 03-04-2023 05:44:43
Number of reads: 1786420
Percentage reads mapped: 69.22
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
rpoC | 762929 | c.-441G>C | upstream_gene_variant | 0.13 |
rpoC | 762932 | c.-438G>C | upstream_gene_variant | 0.13 |
rpoB | 762939 | p.Met1045Leu | missense_variant | 0.13 |
rpoB | 762942 | p.Ile1046Val | missense_variant | 0.13 |
rpoC | 762947 | c.-423C>G | upstream_gene_variant | 0.12 |
rpoC | 762965 | c.-405T>C | upstream_gene_variant | 0.13 |
rpoC | 762980 | c.-390T>C | upstream_gene_variant | 0.14 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1473147 | n.1302G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473150 | n.1305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473158 | n.1313T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
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PPE35 | 2170598 | c.15G>A | synonymous_variant | 1.0 |