Run ID: SRR14179701
Sample name:
Date: 03-04-2023 10:18:18
Number of reads: 23988374
Percentage reads mapped: 87.39
Strain: lineage4.1.2.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2 | Euro-American | T;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2.1 | Euro-American (Haarlem) | T1;H1 | RD182 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491591 | p.Lys270Met | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575679 | p.Asn111Ser | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 760115 | c.309C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472936 | n.1091C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472959 | n.1114T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472963 | n.1118G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472982 | n.1137G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472987 | n.1142G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518076 | c.-39C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3074471 | p.Val1Met | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
embB | 4247050 | c.537C>T | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |