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Run: SRR18002902
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Run ID: SRR18002902

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:08:37

Number of reads: 4193800

Percentage reads mapped: 92.45

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.33
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474190 n.533C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474797 n.1140G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474823 n.1166C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474824 n.1167A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474826 n.1169T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475570 n.1913A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475575 n.1918C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064850 p.Phe448Leu missense_variant 0.99
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
rpoA 3878559 c.-53delC upstream_gene_variant 1.0
panD 4044086 p.Ser66Gly missense_variant 0.99
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246544 p.Thr11Pro missense_variant 0.42
embB 4246548 p.Pro12Gln missense_variant 0.41
embB 4246555 c.42G>C synonymous_variant 0.44
embB 4246556 p.Ala15Pro missense_variant 0.41
embB 4246563 p.Leu17Trp missense_variant 0.53
embB 4246567 c.54G>T synonymous_variant 0.39
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.16
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0