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Run: SRR21658550
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Run ID: SRR21658550

Sample name:

Date: 04-04-2023 02:23:09

Number of reads: 1328043

Percentage reads mapped: 82.17

Strain: lineage1.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 0.99
lineage1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;EAI5 RD239 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5627 p.Ala130Ser missense_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpR5 778292 c.-698C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781694 c.135G>A synonymous_variant 0.99
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1471925 n.80_81insGCAGCTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1471930 n.88_89delGA non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1471978 n.133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472027 n.182C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472028 n.183A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472029 n.185_192delGGGATGCA non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472041 n.196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472043 n.198T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472046 n.201_202insTCAGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472068 n.223T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472070 n.225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472286 n.441C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472328 n.483G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472685 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472686 n.841G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472844 n.999_1000insAG non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472847 n.1004_1005delCT non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473285 n.1442_1443delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1473697 n.40C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473698 n.41G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473699 n.42A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473718 n.61G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473719 n.62G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473728 n.71A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1473743 n.86C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1473750 n.93C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1473751 n.94C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473839 n.182_183insC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473877 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1473884 n.227C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1473889 n.232G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1473896 n.239C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1473911 n.254G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1473918 n.261C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1473922 n.265A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1473935 n.278C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473936 n.279A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473937 n.280C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473943 n.286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473945 n.288T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473946 n.289A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473950 n.293G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473971 n.314G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474390 n.733C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474395 n.738G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474399 n.742G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474403 n.746G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474407 n.750A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474409 n.754_778delCGACCCACACGCGCATACGCGCGTG non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474438 n.781A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474439 n.782A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474479 n.822A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474498 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474505 n.848C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474507 n.850G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474709 n.1052G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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