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Run: SRR6045248
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Run ID: SRR6045248

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:55:36

Number of reads: 1307244

Percentage reads mapped: 87.2

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575764 c.417C>T synonymous_variant 1.0
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.31
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 0.96
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304828 p.Phe633Ser missense_variant 0.12
fbiC 1304845 p.Ala639Thr missense_variant 0.4
Rv1258c 1406943 c.397_398insGC frameshift_variant 0.1
Rv1258c 1406946 p.Ala132Gly missense_variant 0.1
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473822 n.165A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473832 n.175C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473833 n.176G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475586 n.1929C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475591 n.1934G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170461 p.Gly51Glu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
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