TB-Profiler result

Run: SRR6046113
Summary

Run ID: SRR6046113

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:11:30

Number of reads: 1471732

Percentage reads mapped: 86.72

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 0.99
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.29
mshA 576758 p.His471Tyr missense_variant 0.11
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.23
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776362 p.Gln707Lys missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473616 n.-41delT upstream_gene_variant 0.15
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474715 n.1060_1061delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642772 p.Asp413Ala missense_variant 0.19
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4248890 p.Val793Ile missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0