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Run: SRR6046668
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Run ID: SRR6046668

Sample name:

Date: 20-10-2023 17:59:09

Number of reads: 1813994

Percentage reads mapped: 91.2

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 0.99
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1473844 n.187C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474674 n.1017_1018delACinsG non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475762 n.2105_2106delGCinsTCCTTGT non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2221833 c.1332G>A synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064521 c.1671G>A synonymous_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
Rv2752c 3066145 p.Leu16Trp missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338441 p.Tyr27* stop_gained 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338714 c.-193T>A upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0