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Run: SRR6152899
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Run ID: SRR6152899

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:59:17

Number of reads: 4976992

Percentage reads mapped: 90.25

Strain: lineage2.2.2

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD105/RD207 RD105;RD207 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761108 p.Met434Ile missense_variant 0.99 rifampicin
rpoB 761110 p.Asp435Ala missense_variant 0.99 rifampicin, rifampicin
rpoB 761112 p.Gln436Asn missense_variant 0.99 rifampicin
rpoB 761115 p.Asn437Tyr missense_variant 0.99 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472522 n.677T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472767 n.922G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474218 n.561T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474269 n.612C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474287 n.631_649delCCTTTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474467 n.810A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474488 n.831G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474799 n.1143delT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474803 n.1146_1147insA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474853 n.1196A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475991 n.2334T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1475996 n.2339T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1476268 n.2611A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 0.99
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
alr 3841562 c.-142A>G upstream_gene_variant 0.98
rpoA 3878330 c.178C>T synonymous_variant 1.0
rpoA 3878571 c.-64G>T upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039592 c.1113G>A synonymous_variant 0.99
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
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